干细胞输注导致的免疫重建持续时间通常为12–36个月，某些患者在3年后维持稳定的免疫恢复。T细胞扩增和胸腺再生在数周至数月内逐步发生；当免疫学微环境损伤有限时观察到最佳耐久性。某些患者最终可能达到平台期或显示逐步免疫下降，可能需要助推输注。继续抗菌预防性治疗通常在免疫重建监测期间维持，以预防机会性感染。输注后超过5年的长期无感染生存和免疫稳定性文献记载不足。从免疫支持完全独立很少见；大多数患者实现持续的部分恢复。
原发性免疫缺陷病是一组异质性遗传性疾病，影响体液免疫（B细胞、抗体产生）、细胞免疫（T细胞）、补体、吞噬细胞和先天免疫。干细胞研究探索胎儿干细胞和胎盘间充质干细胞是否能够再生淋巴组织，促进胸腺或脾脏微环境中的T细胞和B细胞发育，增强吞噬细胞功能，恢复免疫耐受。已注册试验91项，13项正在招募患者。生物学理由目标是通过直接造血干细胞支持和旁分泌增强发育微环境来实现免疫重建。早期临床数据表明可能改善T细胞计数和功能、增强抗体反应、降低感染负担，以及改善严重联合免疫缺陷和其他形式的预后。
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